Uno de los propósitos de la Fundación Favaloro desde sus comienzos fue la formación y capacitación de profesionales médicos. Desde 1973 egresaron más de 450 médicos residentes que hoy trabajan en casi todas las provincias del país y en varios países del mundo en Cardiología Clínica, Cirugía Cardiovascular, Cardiología Intervencionista e Investigación Básica.

En la actualidad, la tarea docente de la Fundación se desarrolla en sus dos centros:

• La Universidad Favaloro dicta los cursos de grado y posgrado;
• El Departamento de Docencia e Investigación del Hospital Universitario, por su parte, organiza las residencias médicas, las concurrencias, pasantías y rotaciones de profesionales en la institución y la educación continua (ateneos, cursos, jornadas y congresos)