El trasplante pulmonar consiste en el reemplazo de uno o ambos pulmones enfermos por pulmones sanos de un donante. Existe una variedad de enfermedades que afectan a los pulmones o al sistema arterial pulmonar para cuyos estadios finales el trasplante pulmonar constituye la única alternativa para mejorar la calidad y cantidad de vida.

La Fundación Favaloro cuenta con un programa de trasplante pulmonar desde la apertura de su Hospital Universitario (denominado ICYCC en ese entonces), donde, el 18 de junio de 1993, se realizó el primer trasplante bipulmonar de la Argentina. Desde ese entonces se incrementó su indicación.

La Fundación Favaloro se basa en los criterios de inclusión de pacientes para trasplante pulmonar propuestos por The International Society for Heart & Lung Transplantation (ISHLT).